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By Andrea Hansen

ISBN-10: 3034876203

ISBN-13: 9783034876209

ISBN-10: 3764365129

ISBN-13: 9783764365127

Locker und leicht verstandlich geschrieben fuhrt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Moglichkeiten der Sequenzanalyse ein.

Das Buch beginnt mit einer Einfuhrung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschlie?end werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gangigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). a number of Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Baume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erlauterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gangigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im web oder freie software program angegeben.

Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen mussen.

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Statt die Sequenzen auseinanderzunehmen und paarweise wiederzuzufügen, werden alle simultan alignt [Stoye, 1998]. Voher werden die Sequenzen solange iterativ an einer günstigen Stelle zerschnitten, bis sie in einer Länge vorliegen, die sich schnell optimal alignen läßt. Für das optimale multiple Alignment der kurzen Blöcke wird das MSA-Programm (Multiple Sequence Alignment) verwendet [Lipman et al. , 1989]. Das MSA bestimmt ein optimales multiples Alignment nach Needleman & Wunsch durch die Berechnung des kürzesten Weges durch eine n-dimensionale Matrix.

2 Lokale multiple Alignments Je nach Fragestellung ist ein globales Alignment nicht sinnvoll, z. B. 1). Tauchen die Domänen nicht in etwa an der gleichen Position in allen Sequentlen auf, so wird man sie mit einem globalen multiplen Alignment nicht finden. Solche Fragestellungen werden mit lokalen multiplen Alignments gelöst. Der Block Makcr ist ein Beispiel für das lokale multiple Alignment. 2. 1 Block Maker Der Block Maker von Steven und Jorja Henikoff [Henikoff and Henikoff, 1991] macht aus einem Satz von Sequenzen definierte Blöcke, die gemeinsame Motive besitzen und keine Gaps haben.

Am Anfang der Datenbanksuche wird vom Anwender ein E-Wert als Schwellenwert bestimmt, bis zu dessen Höhe Alignments angegeben werden. 2 Besondere Formen von FASTA Mit Hilfe von FASTA können nicht nur gleichartige Sequenzen miteinander verglichen und alignt werden. Es gibt eine ganz Reihe von speziellen Programmen innerhalb des FAsTA3-Paketes [Pearson, 2000]: FASTA: Suchsequenz Protein und Vergleichssequenz Protein-Datenbank oder Suchsequenz DNA und Vergleichssequenz DNA-Datenbank. FASTX: Suchsequenz DNA und Vergleichssequenz Protein-Datenbank.

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by Donald
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